Rijksrestaurateur Traas constateert dat de kunstvoorwerpen zich in 'goeden staat' bevinden en is zelfs van opvatting 'dat menig schilderij zich in beteren staat bevond, dan wanneer het de jaren door zou zijn geëxposeerd.'

Waarnemend directeur Willy Auping wil het museum zo snel mogelijk weer toegankelijk maken voor bezoekers. Maar na een jaar in gebruik te zijn geweest als noodhospitaal, is er materiaal en mankracht nodig om het museum in ere te herstellen.

Op 17 september vraagt hij de in de buurt gelegerde luitenant-kolonel Levenston om hulp, een verzoek dat vrijwel meteen wordt beantwoord. Levenston: ‘I simply asked the men – and they went right to work as a voluntary effort. It is interesting to think that it was Canadian troops […] who carried this collection out of the caves and painstakingly transported it to the museum where it could once more be hung for people the world over to see.’ Het museum wordt op 6 oktober 1945 officieel heropend.

In juli 1945 ontvangt het museum een schenking van de ouders van de in 1940 overleden schilder Dick Ket: 9 schilderijen, waaronder zelfportretten, en 20 werken op papier. De schenking volgt op het veilig bewaren van de collectie in de schuilkelder en de hulp die Auping vanaf 1944 biedt bij het uitzoeken van de werken. Al snel wordt duidelijk dat het museum de 600.000 gulden en de kunstwerken die daarmee zijn gekocht mag houden, wel zal er in de loop van de tijd nog uitgebreid onderzoek gedaan worden naar de herkomst. In december 1945 wordt het eerste werk aangekocht uit een reservering van 5.000 gulden op de Rijksbegroting, speciaal bestemd voor aankopen: Begijnhof in het najaar van Eduard Karsen. Op 6 april 1946 weet Auping met de verwerving van De aardappeleters van Van Gogh nog een opmerkelijke aanwinst toe te voegen aan de collectie.

Vanaf eind 1945 heeft het museum een 'schrijfkracht' in dienst, Cisca Vroom. In een brief aan haar familie beschrijft ze haar nieuwe werkplek: 'Ik zit in een grote kamer alleen, naast die van Auping. Geen ramen naar buiten, (Mevrouw Kröller hield van geconcentreerd werken) slechts indirect dag- en kunstlicht. [...] Op een dressoir van Berlage’s meesterhand staan allerlei soorten aardewerk en porselein, van Grieks tot Delftsch, Jade en Zilver. [...] Als ik enkele uren heb gewerkt ga ik me eens vertreden in het museum. Dwaal dan door de zalen, langs Van Gogh, Renoir, enfin te veel om op te noemen'. Tussen Vroom en Auping ontstaat een relatie. Ze trouwen in september 1946 en gaan op huwelijksreis naar Luik en Brussel, waar dan een tentoonstelling met werk uit de collectie van het museum te zien is.

Op 6 april 1946 weet Auping met de verwerving van De aardappeleters van Van Gogh een topstuk toe te voegen aan de collectie. Kort daarna vertrekt hij naar België in verband met een Van Goghtentoonstelling. Na zijn terugkeer moet Auping worden geopereerd aan zijn blindedarm. Hij lijkt goed te herstellen, maar overlijdt plotseling op 25 januari 1947. Hendrik Jeekel, bestuurslid van Stichting Het Nationale Park De Hoge Veluwe en waarnemend directeur, schrijft in het jaarverslag: ‘Geen moeite was hem ooit te veel om de belangen van het Museum in de meest uiteenlopende vormen te dienen en steeds stond hij klaar om voorlichting te geven aan hen, die belangstelling voor het Museum en zijn kunstwerken toonden. Het is dan ook zeker geen phrase, wanneer gezegd wordt, dat voor het Museum zijn heengaan een leegte laat, welke heel moeilijk zal zijn te vervullen.’