Op 10 en 17 september 1944 voeren de geallieerden zware bombardementen uit op vliegveld Deelen, vlak bij het museum. Het is het begin van Operatie Market Garden, de luchtlanding van duizenden militairen in de omgeving van Arnhem, ‘de eerste lichtstraal’ van hoop, zoals Auping later schrijft. ‘Maar helaas, hoe anders verliep de strijd dan wij verwachtten en hoopten.’

In de vroege ochtend van 24 september krijgt Auping onverwachts bezoek van E. van der Voort Maarschalk, vertegenwoordiger van het Rode Kruis. Het Duitse leger heeft de strijd om Arnhem gewonnen en alle inwoners moeten binnen twee dagen de stad verlaten. Van der Voort Maarschalk vraagt Auping toestemming om in het museum een noodhospitaal van het Rode Kruis te installeren voor de patiënten van de Arnhemse burgerziekenhuizen. Nog voor 11 uur arriveren de eerste zieken en gewonden. Zij hebben te voet of met paard en wagen 20 kilometer door wind en regen afgelegd.

Het museum biedt aan 310 volwassenen en 40 kinderen onderdak. De patiënten worden ondergebracht in de kabinetten, waar voorheen de collectie werd getoond. Jachthuis Sint Hubertus is het onderkomen van de verpleegsters en boerderij De Pampel doet dienst als doktershuis. Het dienstgebouw is in gebruik als kraamafdeling en magazijn. Het hospitaal wordt uitgebreid met een houtzagerij, latrines en een begraafplaats. 

Maar er is ook ruimte voor ontspanning. Op Tweede Kerstdag 1944 geeft de 19-jarige violist Herman Krebbers, die samen met zo’n dertig jonge mannen in het hospitaal is ondergedoken, een concert en in april 1945 wordt op de kinderafdeling Pasen gevierd. Bovendien geeft Auping regelmatig rondleidingen door de schuilkelder, waarbij hij uitgebreid ingaat op een Van Gogh of een ander kunstwerk.