Op 1 juli 1947 wordt Bram Hammacher benoemd tot conservator en waarnemend directeur van Rijksmuseum Kröller-Müller. Hammacher kent de collectie goed. Al tijdens en na zijn opleiding kunstgeschiedenis schrijft hij als criticus voor verschillende kranten en tijdschriften. Helene Kröller-Müller waardeert zijn vaak strenge oordeel. Ze bewaart de knipsels van zijn recensies en wil hem zelfs aannemen als ‘huiscriticus’. Hammacher slaat haar aanbod echter af. Hij is niet onder de indruk van Helenes kunsthistorische visie zoals ze die heeft beschreven in haar boek Beschouwingen. Wel bezoekt hij meerdere keren Museum Kröller aan het Lange Voorhout in Den Haag. Later schrijft hij: ‘Voorzien van de kaart heb ik als piepjong kunsthistoricus daar meermalen, en altijd alleen, rondgelopen. […] Het is daar […] dat ik voor het eerst indrukken de toute-puissance opdeed van een laat 19^de-eeuws en vroeg 20^e-eeuws kunstgebeuren dat toen langzaam maar overweldigend en onherroepelijk mijn existentie absorbeerde. […] Waar kon men, zooals daar, van een Redonkamer genieten, niets dan Redon […]. Daar kon men zich doordringen van een schilder en hem nooit meer vergeten.’

In de jaren daarna schrijft Hammacher over veel kunstenaars die met werk zijn vertegenwoordigd in de collectie van het museum, en leert sommigen van hen ook persoonlijk kennen, zoals Charley Toorop, John Rädecker, Hildo Krop, Dirk Nijland en Joseph Csáky. De eerste weken na zijn aanstelling gaat Hammacher te voet van Otterlo naar het museum. Het gebied fascineert hem. Aan Hendrik Chabot schrijft hij: ‘En dan hier in die machtige stilte en eenzaamheid. Ik vergroei er nu juist mee al dacht ik eerst dat ik het niet verdragen kon.’

Wanneer Hammacher op 1 oktober 1948 directeur wordt van Rijksmuseum Kröller-Müller wordt hij geconfronteerd met het nogal streng geformuleerde gedachtegoed van Helene. Zij heeft in de stichtingsakte richtlijnen opgenomen om het karakter van de collectie te beschermen en haar gedachtegoed in stand te houden. Zo mag alleen kunst aan de collectie worden toegevoegd van kunstenaars van wie al werk in de collectie is opgenomen. Op enkele uitzonderingen na beschouwt ze aan het eind van haar leven de collectie als afgesloten.

De ambitieuze Hammacher weet echter op een slimme manier deze restricties te omzeilen. Hij legt de akte uit als een omschrijving van de schilderijencollectie, over beeldhouwkunst wordt namelijk geen woord geschreven. Hammacher heeft grote belangstelling voor beeldhouwkunst en ziet mogelijkheden voor een nieuwe koers en nieuwe aankopen. Zoals Helene een representatief overzicht van de ontwikkeling van de moderne schilderkunst in haar verzameling heeft willen tonen, zo wil hij de ontwikkeling van de moderne beeldhouwkunst in beeld te brengen, het liefst op internationaal niveau.

In de Kröller-Müller-verzameling bevindt zich op dat moment al een mooie deelcollectie sculptuur met werk van onder anderen Mendes da Costa, Rädecker, Maillol, Lehmbruck, Rosso en Csáky. In het eerste jaar van zijn directoraat geeft Hammacher juist deze werken een prominente plek in het museum. Het in 1912 aangekochte beeld Staande vrouwenfiguur van Wilhelm Lehmbruck, dat sinds de opening naast de entree staat, pronkt op de voorkant van de nieuwe museumcatalogus.

In 1947 beperken zijn aankopen zich nog tot werken van Nederlandse beeldhouwers, zoals Indische buffel van Saar de Swart en Alphons Diepenbrock door Mari Andriessen. In 1948 ziet Hammacher kans om twee sculpturen van de Frans-Russische beeldhouwer Ossip Zadkine te verwerven. Hij moet hiervoor echter eerst de Commissie van Bijstand overtuigen. Commissielid Bremmer is van mening dat het museum ‘geen behoefte’ heeft aan Zadkine. Maar na een gezamenlijk bezoek aan de Zadkine-tentoonstelling in het Stedelijk museum in Amsterdam, is de Commissie ‘eenstemmig van oordeel dat de gekozen werken voor de verzameling een verrijking betekenen’. Hammacher kan voor 5300 gulden de twee sculpturen van de kunstenaar aankopen: Torso (Clementius) en Zittende vrouw.

De introductie van Zadkine in de collectie is een belangrijke stap voor Hammacher. Zadkine schrijft hem blij te zijn dat zijn beelden in het beroemde Kröller-Müller Museum terecht zijn gekomen. Hammacher koopt de beelden met in het achterhoofd een plan voor de voltooiing van de beeldenzaal van architect Henry van de Velde, waarvan de bouw tijdens de oorlog is stilgelegd.

Hammacher wil ook het interieur van het museum moderniseren. De huidige inrichting lijkt nog sterk op die van het voormalige Museum Kröller in Den Haag, met meubels van Berlage en Van de Velde, tapijten, en wandkasten vol porselein en aardewerk. Bovendien hangen de schilderijen nu heel dicht op elkaar, omdat Helene de hele collectie permanent wilde laten zien. De nieuwe directeur wil de collectie beter tot haar recht laten komen en het aantal kunstwerken op zaal sterk terugbrengen. Maar Bremmer, die als een havik over het gedachtegoed en de inrichting van Helene waakt, grijpt in. Hij wil juist dat er zoveel mogelijk wordt getoond: ‘Desnoods hangt men de schilderijen in vier rijen boven elkaar. Een schilderij is door een lijst afgesloten en de emotie die het kunstwerk openbaart is daarmee in zich zelf besloten.’ Hammacher heeft groot respect voor Bremmer maar zijn visie op kunst vindt hij gedateerd. Hij zoekt steun bij de andere leden van de Commissie van Bijstand en weet langzaam maar zeker de verouderde ordening en de drukke, ‘deftige’ inrichting te moderniseren.

Hij stelt ‘karakteristieke gehelen’ van kunstwerken samen, geordend op stroming en genre, en deelt de kabinetten zo in dat bezoekers de collectie in chronologische volgorde kunnen doorlopen. De Van Goghcollectie blijft in de omgang, het middelpunt van het museum. Hij voegt wel een groep 19^e en 20e eeuwse Beeldhouwkunst toe. De oude Chinese en Japanse kunst is nog steeds in het museum te zien, maar in de loop van de tijd verhuizen steeds meer meubels, tapijten, porselein en aardewerk naar het depot.