Net als zijn voorganger Oxenaar vindt Van Straaten de in 1988 aangekondigde verzelfstandiging van de Rijksmusea een risico. Toch besluit hij akkoord te gaan omdat het museum ook veel nieuwe vrijheden krijgt, bijvoorbeeld het beschikkingsrecht over de eigen inkomsten, zoals de opbrengsten van bruikleententoonstellingen. Hammacher had daar in de jaren ‘60 al tevergeefs voor gestreden. De verzelfstandiging van Rijksmuseum Kröller-Müller is gepland op 1 januari 1994. 

Het ministerie van WVC introduceert het ‘Deltaplan voor het Cultuurbehoud’. Een projectgroep moet de achterstanden op gebied van collectiebeheer en -behoud van de rijksmusea in kaart brengen, waarna elk museum een eigen plan van aanpak kan indienen. Op basis daarvan krijgen de musea een financiële bijdrage, zodat de directeuren na de verzelfstandiging niet verantwoordelijk worden voor de staat waarin het Rijk de collectie overdraagt. Van Straaten besluit eerst de achterstanden in de collectieregistratie aan te pakken. De gegevens, die nu nog in een kaartenbak zijn te vinden, zullen in een digitale database worden verwerkt. De restauratie- en conserveringswerkzaamheden van de volledige collectie worden naar verwachting pas in 2000 afgerond.

Naar aanleiding van de onderzoeksresultaten uit het rapport Rijksmuseum Kröller-Müller op koers naar zelfstandigheid wordt aanbevolen om ‘de scheiding tussen de museale en bedrijfsvoeringstaken te vergroten en het management te versterken’. Musea hebben een nieuw type directeur nodig: een cultureel ondernemer met verstand van financiën en marketing. In het Kröller-Müller wordt om die reden Rinus Vonhof, sinds 1984 hoofd Algemene Zaken, als zakelijk directeur aangesteld. Hij is nauw betrokken bij het verzelfstandigingsproces.

1991 is volgens Van Straaten ‘in vele opzichten een jaar van bezinning’. Hij voert gesprekken met de wetenschappelijke staf en medewerkers van de afdelingen, en stelt op basis daarvan een beleidsnota op. Daarin besteedt hij aandacht aan de positie van het museum in het (internationale) museale veld, het verzamel- en presentatiebeleid, en het behoud- en beheerbeleid. Zijn uitgangspunt is het ‘toetsen van hetgeen aan waarde en normen aanwezig was en beraden op nieuwe uitgangspunten’.

De Quistvleugel staat in het voorjaar in het teken van een oeuvretentoonstelling van Matt Mullican. Van Straaten verwerft 5 werken van de Amerikaans-Venezolaanse kunstenaar. Mullican schenkt zelf The computer project, dat daarmee de eerste computeranimatie in de collectie wordt.

Bram Hammacher schenkt twee tekeningen, Vrouwenstudie (ongedateerd) van Oswald Wenckebach en Studie (1973) van Frits Wotruba, en een kleurenets van Eduard Flor. Rudi Oxenaar schenkt Ascending wad, Flevoland, een collage van Ger Dekkers.

Aan het einde van het jaar presenteert Van Straaten een nieuwe opstelling van de collectie. De schilderijencollectie blijft in de Van de Veldevleugel, maar een deel van de collectie oude kunst verhuist naar het depot. Zo kan er meer nadruk worden gelegd op het zwaartepunt van de collectie: de ontwikkelingen in de kunst vanaf ca. 1850. Ook een aantal recente aanwinsten worden meteen in de vaste presentatie opgenomen. Een belangrijke aanvulling is bijvoorbeeld de verwerving van Studie voor De kaartspelers uit 1916 van Theo van Doesburg.

De meest recente aanwinsten worden in de Quistvleugel getoond. Het betreft vooral stukken die de bestaande collectie versterken: sculpturen van Walter de Maria, Isa Genzken en Bruce Nauman en kleine sculpturen en reliëfs van Jan Schoonhoven en Peter Struycken. Ook zet Van Straaten de verzameling tekeningen voort; tekeningen van beeldhouwers, maar steeds vaker ook tekeningen als autonome kunstwerken. Bijvoorbeeld van Ria van Eyk, Vincent Rijnbende, Jan Schoonhoven en Carel Visser.

Van Straaten verwerft twee sculpturen van Joost van den Toorn, De notekraker en The Mighty Waters. De Amsterdamse kunstenaar laat zich inspireren door een breed scala aan kunstuitingen, volksculturen en Outsider Art. ‘Zijn rol in de verzameling is dan ook veelzijdig’, volgens Van Straaten, ‘omdat het aansluit bij zowel het werk van Lipchitz […] of niet-westerse culturen in de verzameling’.

Sinds de ingebruikname van de Van der Leeuwzaal wordt de aula in de Van de Veldevleugel nog maar zelden gebruikt. Om daar verandering in te brengen, bestemt Van Straaten deze zaal tot expositieruimte voor hedendaagse sculptuur.

Begin 1992 kiezen de rijksmusea in overleg met de minister van WVC voor de ‘stichting’ als verzelfstandigingsvorm. Vrijstelling van vennootschapsbelasting en successie- en erfrecht hebben deze keuze mede bepaald. Na het afronden van het Deltaplan zullen de ‘museale diensten van het Rijk’ worden omgezet in zelfstandige stichtingen, die elk een raad van toezicht moeten benoemen. Voor Rijksmuseum Kröller-Müller gaat de verandering naar verwachting op 1 januari 1994 in. Elk kunstwerk dat na die datum wordt aangekocht, nagelaten of geschonken, is automatisch eigendom van de stichting.

De schilderijenrestauratoren verhuizen naar een groter restauratieatelier. Dit atelier, ingericht met nieuwe apparatuur, is bekostigd met budget dat het museum in het kader van het Deltaplan heeft gekregen. Aan het eind van het jaar zijn onder andere schilderijen van Juan Gris, Piet Mondriaan en het kamerscherm van Odilon Redon behandeld. Ook zijn 13 schilderijen van Vincent van Gogh en Juan Gris voorzien van ontspiegeld protectieglas.

De collectie sculptuur blijkt helaas in een veel slechtere staat te verkeren dan aanvankelijk was gedacht. Palissade van Evert Strobos bijvoorbeeld, moet onder leiding van de kunstenaar geheel opnieuw worden uitgevoerd.

De eerste catalogus beeldhouwerstekeningen en andere werken op papier ziet het licht onder de titel Voor de ruimte gedacht. In deze publicatie van 1000 pagina’s zijn ook zeer recente aankopen opgenomen, waaronder 16 tekeningen van Sol LeWitt en 2 boeken van Daniel Buren uit de Collectie Visser.

Piet en Ida Sanders schenken een litho van Eugène Dodeigne en een print van Gottfried Honegger uit 1971. Louise Bourgeois schenkt 5 van haar tekeningen. Als dank voor de tentoonstelling Una giornata al mare, waar 77 werken uit zijn collectie zijn getoond, schenkt Geertjan Visser de sculptuur Nonagon (1974) van Walter de Maria.

De tentoonstelling De Kröllers en hun architecten brengt bijna veertig jaar bouwactiviteit in beeld van het echtpaar Kröller. De plattegrond van het ‘gedroomde museum’ van Helene Kröller-Müller is op ware grote in hout uitgezet op de beoogde bouwplek en een computeranimatie geeft de bezoekers een indruk van de binnenkant van het nooit gerealiseerde bouwwerk. Onderdeel van de presentatie zijn archivalia, zoals bouwtekeningen, historische foto’s en brieven. Die maken het volgens Van Straaten ‘mogelijk te begrijpen wat de Kröllers heeft gedreven zich ook op het terrein van de bouwkunst zo actief te bewegen’.

Bij de tentoonstelling wordt een gelijknamige publicatie uitgegeven, met teksten van Johannes van der Wolk, ontworpen door Pieter Brattinga.

Op 24 juni 1993 wordt de Wet verzelfstandiging rijksmuseale diensten in het Staatsblad gepubliceerd. Deze wet machtigt de minister tot: het oprichten van stichtingen als rechtsopvolgers van de rijksmusea en museale diensten, de inbeheergeving van de collecties en de bekostiging van museale activiteiten.

Het is tijd geworden voor een ‘algehele opschoning, herinrichting en vernieuwing van de beeldentuin’, aldus Van Straaten. Maar eerst moet ‘het karakter van de tuin […] opnieuw gedefinieerd worden’. Hij gaat hierover in gesprek met het Rotterdamse bureau voor landschapsarchitectuur West 8 van kunstenaar-architect Adriaan Geuze.

Via Stichting Sonsbeek koopt het museum werk van Miroslaw Balka en via museum Fodor in Amsterdam wordt servies aangekocht van Rob Birza, Rob van Koningsbruggen en Peter Struycken. Uit de collectie Visser worden sculpturen verworven van Dan Flavin, Pieter Geraedts, Jenny Holzer, Panamarenko, Ulrich Rückriem, Lawrence Weiner en tekeningen van Ellsworth Kelly, Rob van Koningsbruggen, Maria Nordman, Panamarenko, Peter Struycken en Mark di Suvero. Direct van de kunstenaar Luc Deleu verwerft Van Straaten een sculptuur, een tekening en twee fotografische werken.

Andere aanwinsten zijn Heerenlux I van Daan van Golden, 4 tekeningen van Jo Baer en zeefdrukken van Mark Dion, Mark Manders en Lawrence Weiner.

Voor Sonsbeek ‘93 ontwerpt Pawel Althamer een aantal simpele ongelakte houten banken, die hij plaatst tegenover pittoreske, vergeten of oninteressante plekken in Park Sonsbeek. Kort na de manifestatie worden de banken aangekocht voor het museum en krijgen ze een functie in de beeldentuin. Bezoekers zijn vrij om de banken te plaatsen waar ze willen.

Het museum krijgt een schenking via het legaat van een van de ‘Bremmerianen’, met wie het museum contact onderhield. Het betreft Kop van Piet Donk van John Rädecker, Twee dansende vrouwen van Milleret, Strand met drie of vier pieren bij Domburg van Piet Mondriaan, Paarden van Giorgio de Chirico en Pierrot van Gino Severini. ‘Werken die naadloos aansluiten bij de verzameling’ aldus Van Straaten.

Mevrouw J.G. van Renesse uit Den Haag schenkt 3 stillevens van Charley Toorop aan het museum.

Van Straaten noemt 1993 in het jaarverslag ‘een intensief beleefd en voldoening gevend jaar’. Het museum heeft een recordaantal van 515.879 bezoekers ontvangen. Dit is met name te danken aan de tentoonstelling Juan Gris. Het museum bezit 14 schilderijen en 8 tekeningen van de kubistische schilder en heeft hiermee de omvangrijkste Griscollectie van Nederland.

Hoewel het museum eind 1993 in de startblokken staat, moet de verzelfstandigingsdatum worden uitgesteld, voornamelijk vanwege vertraging in het tot stand komen van de cao. Niet alle partijen zijn het eens met de afspraken zoals opgesteld door de minister van WVC, de voorwaarde die zij stellen is dat het zittend personeel er niet op achteruit mag gaan.

In het kader van het Deltaplan moet het grote depot ingrijpend worden verbouwd en efficiënter worden ingericht, met bijvoorbeeld nieuwe, schokvrije schuifrekken voor de schilderijen en tekeningen. Hiervoor moet het depot worden leeggeruimd. Bijna de hele schilderijencollectie wordt daarom op zaal tentoongesteld, in rijen boven elkaar op alfabetische volgorde. De tentoonstelling fungeert dus letterlijk als tijdelijk depot.

Op 1 juli 1994 is het zover. De eerste groep rijksmusea wordt verzelfstandigd, waaronder Rijksmuseum Kröller-Müller, dat voortaan als Kröller-Müller Museum bekend zal staan. Tot op het allerlaatst blijft er onzekerheid. Twee tot drie dagen voor de ondertekening is er nog beraad. De subsidie van het Rijk zal nog twee keer vierjaarlijks worden uitgekeerd, tot 1998. Daarna moet het museum in eigen onderhoud kunnen voorzien.

De Stichting Kröller-Müller Museum heeft als doel het inrichten, exploiteren en in stand houden van het Kröller-Müller Museum. Het bestuur van de stichting wordt gevormd door de directeur, die wordt bijgestaan door een Raad van Toezicht waarin onder anderen Zijne Koninklijke Hoogheid Prins Claus en de kunstenaar Peter Struycken zitting hebben. De Commissie van Bijstand wordt met ingang van dit nieuwe bestuursorgaan opgeheven. Van Straaten uit zijn opluchting in het jaarverslag: ‘Tot onze vreugde konden we constateren dat het langdurige verzelfstandigingsproces met succes afgesloten was.’

Via de Stichting Sonsbeek verwerft het museum 8 maquettes, 62 tekeningen en 35 andere werken op papier van 26 van de 48 deelnemers aan Sonsbeek ’93. Het betreft onder meer werk van Lawrence Weiner, Christina Assman, Irene & Christine Hohenbüchler, Liz Larner & Susan Narduli, en Jan van de Pavert.

Daarnaast koopt Van Straaten nog sculpturen van Gerrit van Bakel, Pepe Espaliú en Joost van den Toorn, de grote tekening The Ambulantory Building: Part 1 van Joep van Lieshout en 4 tapijten naar een ontwerp uit 1918 van Bart van der Leck.

Het museum krijgt van de Poolse kunstenaar Miroslaw Balka 4 van zijn Schetsen voor sculptuur beeldentuin, van Martin Visser een schilderij van Stephen Gilbert en een lichtdruk van Marcus Raetz, en van Paul Diamant Boerderij in Duivendrecht bij avond van Piet Mondriaan. Ook worden 27 brieven van Piet Mondriaan aan zijn vriendin Aletta de Iongh geschonken aan het museum.

Alle schilderijen van Vincent van Gogh zijn voorzien van ontspiegeld protectieglas, ‘zodat nu de gehele collectie werken van Van Gogh beschermd is tegen de risico’s van aanraking of beschadiging’, aldus Van Straaten. Van de schilderijen van Piet Mondriaan is een groot aantal lijsten vervangen door reconstructies.