Na het overlijden van Helene wordt Sam van Deventer in januari 1940, op voorspraak van Anton benoemd tot voorzitter van de Kröller-Müller Stichting. Het bestuursorgaan speelt nog altijd een rol van betekenis binnen de muren van het Rijksmuseum, zeker zolang er geen nieuwe directeur is. In de dagelijkse museumpraktijk neemt ‘assistent’ Willy Auping de zaken waar. Hij verzorgt al sinds de opening rondleidingen en lezingen op locatie. Ook beantwoordt hij de post en draagt zorg voor promotie en publicaties, zoals de in 1939 verschenen Gids door het Rijksmuseum Kröller-Müller.

Naast Auping bestaat het personeel uit twee schoonmaaksters, een hulpportier en de conciërge Martinus van den Brink, die met zijn vrouw in de dienstwoning van het museum woont.

Op 10 mei begint de Duitse aanval op Nederland. Sam is op dat moment in Rotterdam en Anton in Den Haag. Er is aanvankelijk weinig informatie beschikbaar, behalve dat er zwaar wordt gevochten rond de Veluwe. Sam probeert tevergeefs contact te krijgen met Auping. Na enige tijd horen ze dat de Duitse troepen ten noorden en zuiden van het park over de openbare wegen westwaarts zijn ‘gerold’. Van het inmiddels onder Duits toezicht geplaatste ministerie van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen krijgen ze de benodigde papieren om per auto naar het museum af te reizen, waar ze eindelijk en opgelucht kunnen vaststellen dat de kunstverzameling zich nog onaangeroerd in het museumgebouw bevindt. Ook Sint Hubertus heeft geen schade geleden. Sam neemt zijn intrek in één van de vijf dienstwoningen aan de noordzijde van het park en neemt de leiding van park en museum op zich. Anton verblijft in het jachthuis. Auping overnacht al sinds het begin van de oorlog uit voorzorg in het museum. Samen met het echtpaar Van den Brink zijn ze dag en nacht aanwezig.

Voor het museum lijkt er in eerste instantie niet eens zoveel te veranderen. Van Deventer wil het museum zo lang mogelijk toegankelijk houden voor bezoekers en dus gaan de rondleidingen van Auping zelfs nog twee maanden door. Wel worden schilderijen die niet binnen het gedachtegoed van de nazi’s passen, zogenaamde ‘entartete kunst’, voor de zekerheid opgeborgen. Zo worden Le Chahut van Georges Seurat, de Franse kubisten en het abstracte werk van Mondriaan en Van der Leck van de muur gehaald. Daarvoor in de plaats kiest Auping voor werken van Dirk Nijland en de tekeningen van het grote museum door Van de Velde. De schilderijen van Van Gogh laat hij daarentegen wel hangen. Auping blijft zijn best doen om het museum onder de aandacht te brengen. Zo verschijnt kort na de inval, al in juni 1940, de nieuwe catalogus van de Van Goghcollectie, die veel aandacht krijgt in de pers. En in het kader van de herdenking van de 50ste sterfdag van Van Gogh, geeft hij op 25 juli een lezing voor de A.V.R.O., die later dat jaar ook wordt uitgezonden in Nederlands-Indië.

Een deel van de collectie wordt ondergebracht in een speciaal daarvoor door de Rijksgebouwendienst aangelegde ‘bomvrije bergplaats voor kunstschatten’. De kunstwerken worden verpakt en in een week tijd met vrachtwagens naar deze schuilkelder en de kelders van jachthuis St. Hubertus gebracht. Op 29 juli wordt de schuilkelder door de Rijksarchivaris verzegeld en sluit het museum zijn deuren. Auping zegt later: ‘onze grote meesters moesten wij beschermen onder twee meter beton en acht meter zand. Ik geneerde mij telkens weer, wanneer ik de zware kluisdeuren achter mij sloot.’ Rijksrestaurator Jan Cornelis Traas houdt de conditie van de collectie op peil en voert enkele restauraties uit, zoals het schoonmaken van schilderijen en een aantal verdoekingen.

Behalve de collectie van Rijksmuseum Kröller-Müller worden ook andere kostbaarheden in de kelder ondergebracht, zoals de schatten uit de Eusebiuskerk te Arnhem en verschillende objecten uit privéverzamelingen. Zelfs met een inhoud van 210m3 biedt de schuilkelder toch onvoldoende ruimte, een deel van de collectie wordt daarom opgeslagen in de kelders van Jachthuis St. Hubertus.

In de daaropvolgende tijd zetten Sam en Anton alles op alles om het landgoed en de bezittingen zo goed mogelijk te beschermen. Geholpen door het oude zakennetwerk van Müller & Co weten ze met name bij hooggeplaatste Duitse bestuurders veel voor elkaar te krijgen. De belangstelling voor de 3 oude Duitse meesters, waaronder Venus en Amor als honingdief van Lucas Cranach de Oude, door de bezetter wordt door Sam en Anton aangegrepen om de financiële situatie voor het museum en het park flink te verbeteren en ook om de eigen positie te verstevigen. In de onderhandelingen weten ze de steun van Rijkscommissaris Arthur Seyss-Inquart te verkrijgen. Een deel van de afspraken wordt vastgelegd in een ‘Geheim verslag’. Sam van Deventer wordt benoemd tot directeur van het museum.