Müller & Co wordt in enkele jaren onder druk van de aandeelhouders gereorganiseerd. Anton verliest zijn positie en verlaat in 1936 de firma. Ook Sams functioneren ligt onder vuur. Hij is inmiddels al enige jaren directielid, maar zonder Antons bescherming wordt hij in 1937 ontslagen. Daarmee is Müller & Co niet langer een familiebedrijf. Uiteindelijk wordt ook Villa Groot Haesebroek, dat officieel eigendom is van de firma, verkocht. Anton en Helene zullen definitief hun intrek nemen in jachthuis Sint Hubertus.  

Met een nieuw ontwerp van Henry van de Velde wordt in opdracht van de Kröller-Müller Stichting een kleiner en veel goedkoper museum gebouwd. Omdat er nog altijd nog hoop is op realisatie van het ‘Groote Museum’ wordt gesproken over het ‘overgangsmuseum’.

De bouw, dit keer volledig in baksteen, wordt bekostigd uit een grote schenking van een zakenrelatie. Minister Slotemaker de Bruïne stelt arbeiders ter beschikking vanuit de werkverschaffing, maar eist dan wel dat het gebouw eigendom van de Staat wordt. Ook houdt hij de Kröllers aan hun toezegging de schilderijenverzameling te schenken. Op 18 mei 1937 gaat de eerste schop de grond in. Een jaar later wordt een sober maar elegant museum opgeleverd.

In afwachting van de voltooiing van het overgangsmuseum richt Helene tussen 15 juni en 3 oktober kamers van villa Groot Haesebroek in als ‘Rijksmuseum’. Ze wil het publiek nog eenmaal de gelegenheid geven ‘de rijksverzameling in de huislijke omgeving van Groot Haesebroek’ te bekijken. Ook in de Franse tuin rondom de villa staan beelden uit de collectie tentoongesteld en er is zelfs een catalogus.

Bij de toegang van het landgoed staan 2 houten borden met de tekst ‘Rijksmuseum Kröller-Müller Stichting’. Het geheel trekt maar liefst 4.000 mensen. Na 3 maanden wordt de volledige collectie in een reeks transporten vervoerd naar Hoenderloo, waar het voorlopig wordt opgeslagen in Sint Hubertus en het dienstgebouw. Om het risico te spreiden vertrekt er per dag slechts één auto, onder politiebegeleiding. Ook het personeel verhuist mee.

Helenes gezondheid gaat achteruit, maar gezeten in een rolstoel voert ze strak de leiding over de inrichting van de zalen van het overgangsmuseum. Ze bestemt de centrale omgang voor de schilderijen van Van Gogh, en de kabinetten aan weerszijden voor een overzicht van de belangrijke stromingen voor en na hem. Met Perzische tapijten, meubels, beelden en vitrinekasten creëert ze net als in Groot Haesebroek een deftig huiselijke sfeer in het museum. Helene wordt bijgestaan door Willy Auping jr. Hij is vanaf het begin van het jaar in dienst als haar assistent en is daarmee feitelijk de eerste conservator van Rijksmuseum Kröller-Müller.

Op 13 juli 1938 wordt het museum officieel geopend door minister Slotemaker de Bruïne. Oud-minister Henri Marchant voert het woord als voorzitter van de Stichting het Nationale Park De Hoge Veluwe.

Helene is vanwege haar zwakke gestel niet in staat om haar openingsrede uit te spreken, dat doet Anton voor haar. Bremmer kan wegens gezondheidsredenen de opening niet bijwonen. Onder de aanwezigen zijn veel kunstenaars, onder wie Henry van de Velde, Bart van der Leck, John Rädecker en Charley Toorop.

De kranten besteden volop aandacht aan de opening. Op de persbijeenkomst twee dagen eerder zijn maar liefst 40 journalisten van lokale, landelijke en internationale dagbladen. Ook het Polygoonjournaal filmt op deze dag.

Helaas kan Helene maar kort genieten van haar museum, ze overlijdt op 14 december 1939. De volgende dag wordt ze vanuit het jachthuis in een rouwauto naar het museum gebracht, te voet gevolgd door Anton, Sam, Bob en haar verpleegster. Daar wordt ze opgebaard tussen haar geliefde Van Goghs, direct voor Vier uitgebloeide zonnebloemen.

Een dag later wordt ze op een zwart geschilderde boerenwagen naar de voet van de Franse berg vervoerd en begraven vlak bij de fundamenten van het 'Groote Museum'. Op haar steen is te lezen: ‘Ik geloof aan het volmaakte van al het gebeuren’.