Het voornemen een museum op te richten geeft Helene richting. Koopt ze aanvankelijk kunstwerken uit persoonlijke overwegingen, nu wil ze een verzameling aanleggen ‘tot nut en genot der gemeenschap’. Een verzameling die een overzicht geeft ‘van de ontwikkeling der moderne kunst vanaf het positieve Realisme van omstreeks 1860 tot de kunst van heden, over het Impressionisme, Pointillisme en Cubisme heen’. In de praktijk richt ze zich vooral op Franse en Nederlandse kunst, met een zeer belangrijke plek voor Vincent van Gogh. Onder leiding van Bremmer komen ook eigentijdse kunstenaars in beeld.

Helene is niet de enige die zich bij het verzamelen laat adviseren door Bremmer. Rond Bremmer ontstaan veel vergelijkbare verzamelingen. Herkenbaar door de aanwezigheid van werk van Charley Toorop, Bart van der Leck, en ook oudere kunstenaars als Jan Toorop, Floris Verster en Johan Thorn Prikker. Vaak zijn er werken uit de Haagse school, maar ook altijd Delfts Blauw en Chinees porselein. De verzameling van Helene groeit uit tot de belangrijkste en grootste Bremmeriaanse collectie. Bremmer krijgt veel ruimte. Later zal Helene over hem schrijven: ‘Hij was mijn eerste minister en naast hem voelde ik mij koningin.’

Helene gaat samen met Bremmer steeds vaker naar galeries en veilingen in binnen- en buitenland. In 1912 besteedt ze maar liefst ruim 280.000 gulden aan kunstwerken, waarvan 115.000 gulden alleen in de maand april. Ze verwerft dan in Parijs 15 schilderijen van Van Gogh en 2 havengezichten van Georges Seurat en Paul Signac. Niet lang daarna koopt ze op de veiling van de Collectie Hoogendijk in Amsterdam opnieuw 15 schilderijen, van onder meer Jean-Baptiste Corot, Jan Toorop, Odilon Redon en Honoré Daumier en nog eens 4 schilderijen van Van Gogh. Brug te Arles (Pont de Langlois) is meteen een favoriet, het behoort voor Helene tot de ‘mooisten, de sterksten, de glasheldersten’.

Hoewel Helene haar eigen voorkeur en smaak geen rol wil laten spelen, drukt ze wel degelijk haar eigenzinnige stempel op de verzameling. Fauvisten en Duitse expressionisten verzamelt ze niet. Ook latere bewegingen als dada en Bauhaus zijn te ver van haar bed. Het futurisme ontdekt ze te laat om nog goede aankopen te kunnen doen. Maar onder leiding van Bremmer springt ze soms over haar eigen schaduw heen. Zo koopt ze al vroeg kubistische werken zoals Stilleven met petroleumlamp van Juan Gris en Tableau no. 1 van Piet Mondriaan. Om de collectie te verbreden wordt nu ook een aantal oude meesters aangekocht, waaronder Venus en Amor van Hans Baldung Grien.

Helene kan dit allemaal doen dankzij het vermogen dat haar man vergaart met Müller en Co. Anton bezoekt zelf ook regelmatig veilingen en galeries met Bremmer. Hoewel hij aanvankelijk een voorkeur heeft voor 17de-eeuwse schilderkunst, krijgt hij onder invloed van Bremmer oog voor moderne kunst. Zijn interesse gaat ook uit naar Van Gogh, maar bij Anton spelen altijd speculatieve afwegingen en de drang om een ander voor te zijn. Het is mede door zijn toedoen dat Helene zoveel werken van haar geliefde kunstenaar verwerft.

In 1913 koopt Anton het pand Lange Voorhout nr. 1, naast het hoofdkantoor van Müller & Co. Hier toont Helene voor het eerst haar kunstverzameling, met op de begane grond werk van Seurat, Signac, Théo van Rijsselberghe en een kleine kamer ingericht met werken van Redon. De grootste zaal is voor Van Gogh, die ze beschouwt als het hart van haar verzameling. De ‘ultramodernen’ komen langzaam maar zeker op de eerste verdieping te hangen: Juan Gris, Auguste Herbin, Van der Leck en Mondriaan. 'Museum Kröller' is vrij te bezichtigen, maar bezoekers moeten van tevoren schriftelijk een toegangsbewijs aanvragen. Het publiek bestaat overwegend uit de welgestelde burgerij, leerlingen van Bremmer, maar ook kunstenaars en studenten van kunstacademies.